یکی از نکات مهم در مورد ترخیص کالا از گمرک که در پاره‌ای مواقع سبب کند شدن فرآیند ترخیص یا اصطلاحاً توقف کالا در گمرک می‌شود، صدور مجوزهایی است که باید توسط سازمان‌ها و نهادهای مختلف صادر و توسط صاحبان کالا یا نمایندگان آنها به گمرک ارائه شود. این مجوزها عموماً جنبه کنترلی و بازرسی دارند و هدف از صدور آنها این است که کالاهای وارداتی غیراستاندارد از نظر سلامتی، بهداشتی، ایمنی، فرهنگی، زیست محیطی و سایر موارد وارد کشور نشود. قابل ذکر  است که در مورد کالاهای نیازمند ارائه مجوز تا زمانی که این مجوزها به گمرک ارائه نشود، ترخیص آنها امکان‌پذیر نیست و ممکن است به این دلیل مدت زیادی کالا در گمرک متوقف شود که طبیعی است مسئولیت این امر صرفاً متوجه صاحب کالا یا سازمان مجوزدهنده است و ارتباطی با گمرک و عملکرد آن ندارد. خوشبختانه با راه‌اندازی سامانه  الکترونیکی پنجره واحد تجارت فرامرزی در گمرک به نحو قابل توجهی از میزان مشکلات صاحبان کالا برای دریافت مجوزهای ورود کاسته شده و این کار به صورت غیرفیزیکی از طریق اتصال سامانه مزبور به سیستم‌های الکترونیکی سازمان‌های همجوار صورت می‌گیرد.
در این ارتباط مرکز واردات و امور مناطق آزاد و ویژه گمرک ایران طی اطلاعیه‌ای فهرست ۳۷ نوع مجوز را که باید براساس ردیف‌های کالایی مرتبط توسط صاحبان کالا از سازمان‌های همجوار اخذ و به گمرک ارائه شود تا ترخیص کالا انجام شود منتشر کرده است. در  این اطلاعیه آمده است:
در حال حاضر با الکترونیکی شدن رویه‌های گمرکی و ارتباط الکترونیکی گمرک با ۲۲ سازمان همکار امکان ترخیص هیچ کالایی بدون اخذ مجوز وجود ندارد و به عبارتی تا مجوز مرتبط ارائه نشود امکان ادامه مراحل تشریفات گمرکی در سامانه جامع گمرکی میسر نیست.
طبق قانون تمامی کالاهای وارداتی ابتدا باید مجوز ثبت سفارش را از وزارت صنعت، معدن و تجارت اخذ و سپس کالا به گمرک اظهار شود که در حال حاضر این فرآیند نیز الکترونیکی شده است.
براساس این گزارش نسخه نهایی مجوزهای ۳۷گانه در گمرک به این شرح است:
۱- استاندارد
۲- بهداشت
۳- قرنطینه دامی
۴- دامپزشکی
۵- جهاد کشاورزی
۶- محیط زیست
۷- قرنطینه نباتی
۸- انرژی اتمی
۹- در صورت شمول کنوانسیون بازل -محیط زیست
۱۰- مخرب اوزون
۱۱- در صورت قابلیت انفجار – وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح
۱۲- نفت
۱۳- وزارت امور خارجه (سلاح‌های شیمیایی)
۱۴- تجهیز ات پزشکی
۱۵- ممنوع
۱۶- ورود محصولات مشمول این فصل از حیوانات حرام گوشت و یا از حیوانات حلال گوشت به طریق ذبح غیر اسلامی ممنوع است.
۱۷- بانک مرکزی
۱۸- فرهنگ و ارشاد اسلامی
۱۹- کانون پرورش فکری کودکان و نوجوانان
۲۰- نظارت بر دخانیات
۲۱- ارتباطات و فناوری اطلاعات
۲۲- میراث فرهنگی
۲۳- امور اقتصادی و دارایی
۲۴- وزارت صمت
۲۵- ورود ماهی غیر زینتی برای اصلاح نژاد و تکثیر و پرورش با موافقت وزارت صنعت، معدن و تجارت وجهاد کشاورزی می‌باشد.
۲۶- ورود بذر و نباتات که در اسناد صدور کشور مبدأ مشخصات دست ورزی شده محسوب می‌شوند یعنی با تغییرات ژنتیکی تولید شده‌اند از لحاظ بررسی خطرات زیست محیطی به تایید سازمان حفاظت محیط زیست می‌باشد.
۲۷- ورود محصولات غیر شرعی مشمول این فصل (به استثنای ردیف ۲۲۰۱،۲۲۰۲،۲۲۰۹) ممنوع می‌باشد
۲۸- ورود فرآوردهای مشمول این فصل از خون و حیوانات حرام گوشت ممنوع است
۲۹- ورود پوست و چرم وپشم و مو از حیوانات حرام گوشت و همچنین از حیوانات حلال گوشت ذبح شده به طریق غیراسلامی ممنوع است
۳۰- ورود انواع کاغذ این فصول دارای علامت رسمی دولتی به صورت واتر مارک موکول به موافقت وزارت امور اقتصادی و دارایی می‌باشد.
۳۱- ورود لباس و سایر اشیاء مستعمل این فصول ممنوع و موکول به ارائه قبلی گواهی بهداشت از وزارت بهداشت و آموزش پزشکی است.
۳۲- ورود کالاهای سرماساز و کمپرسورهای سرماساز دارای کلرو فلور و کرین CFC11 وCFC12 ممنوع است.
۳۳- ورود اقلام نظامی و انتظامی این فصل موکول به موافقت وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح می‌باشد.
۳۴- ورود پرنده‌های بدون سرنشین مشمول این فصل(۸۸) منوط به موافقت وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح می‌باشد.
۳۵- سازمان هواپیمایی کشوری
۳۶- ورود فیلم‌های سینمایی موکول به موافقت وزارت فرهنگ وارشاد اسلامی می‌باشد.
۳۷- ورود خودرو، کامیون، موتورسیکلت، ماشین‌آلات راهسازی مشمول قانون خودرو موکول به ابلاغ ضوابط فنی به گمرکات اختصاصی ترخیص خودرو، توسط این مرکز می‌باشد.